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Snow Leopard の Clean Install

Stanford に職場が移り、色々と新しい作業を始める前に、Snow Leopard に移行することにしました。新しい研究を始めてから環境移行すると面倒なので。

Snow Leopard

Snow Leopard の DVD から、HDD を一旦消去して clean install した。QuickTime 7、RosettaX11Xcode を追加し、プリンタドライバと日本語以外の言語環境は外した。

外付け FireWire の TimeMachine HDD から、Leopard 環境のアカウント oxon と、ネットワークの設定等だけを移行させた。/Applications やその他の書類(/sw なども引き継がれる)は気持ち悪いので移行させない。

Mail.app や Safari の設定は、これで問題なく移行できた。ひとまず、沢山ある software update を全部入れた。

Fink

Snow Leopard にはバイナリ配布がないので、ここから source を落としてきて自分で build した。

$ tar zxvf fink-0.29.10.tar.gz
$ cd fink-0.29.10
$ ./bootstrap
$ . /sw/bin/init.sh   
$ /sw/bin/pathsetup.sh
$ fink selfupdate     
$ fink update-all     
FinkCommander

FinkGUI から操作するほうが楽なので、FinkCommander を入れた。ここから、FinkCommander 0.5.5 を落として、展開後 /Applications に入れる。

Snow Leopard の場合は、このままだと利用可能な package の一覧が出てこない。FinkCommander の環境設定から、perl の path を /usr/bin/perl から /usr/bin/perl5.8.9 に変更する必要がある。こうすれば、一覧がちゃんと表示される。原因不明だが、一覧表示の Status 欄がちゃんと更新されなくて不便。"Always choose the default response to prompts" にチェックを入れたらなぜか直った。

とりあえず入れたもの
  • wget 1.11.4-3
  • emacs22 22.3-1005
  • emacs23 23.1-104
  • ptex 3.1.10-1001
  • latexdiff 0.5-4
  • ImageMagick 6.5.8.2-4
64 bit の場合

bootstrap を走らせる段階で、32 bit にするか 64 bit にするか聞かれるので、後者を選択すれば良い。あとは勝手に 64 bit で全て進む。

Your hardware is a 64bit-compatible intel processor, so you have the option of running Fink in 64bit-only mode.  This
is not recommended for most users, since many more packages are available for the default mode (which is mostly 32bit
but includes some 64bit packages).  Which mode would you like to use?

(1)     Default (mostly 32bit)
(2)     64bit-only

Choose a mode: [1] 2

FinkCommander での perl の path の設定は、perl5.8.9 ではなく、/usr/bin/perl5.10.0 にしておくこと。

KeyRemap4MacBook

Emacs の key binding に慣れている人には、KeyRemap4MacBook は絶対必要。比較的新しいソフトなのに、かなり世の中で浸透していると思われる。最新版の 6.5.0 を入れた。要再起動。最近では左右の command key を英数キーとかなキーに出来るらしいので、次に MacBook Pro を買うときは US 配列を購入して試してみよう。

ROOT

Snow LeopardPython 2.6 が、ようやく 64 bit になったので、PyROOT も 64 bit で走らせられる。そのため、ROOT の configure 時点で、32 bit を指定する必要がなくなった。自分の場合は、GDML を利用可能にする引数だけつける。

$ wget ftp://root.cern.ch/root/root_v5.26.00b.source.tar.gz
$ sudo tar zxvf root_v5.26.00b.source.tar.gz
$ cd root
$ sudo ./configure --enable-gdml
$ sudo make -j 2

Geant4 + CLHEP

まずは、CLHEP の install 作業。Geant4 9.3p01 の binary 配布が CLHEP 2.0.4.5 で build されたものなので、CLHEP の version はこれに合わせる。

$ sudo mkdir /usr/local/clhep
$ cd /usr/local/clhep
$ wget http://proj-clhep.web.cern.ch/proj-clhep/DISTRIBUTION/tarFiles/clhep-2.0.4.5.tgz
$ sudo tar zxvf clhep-2.0.4.5.tgz
$ cd 2.0.4.5/CLHEP
$ sudo ./configure --prefix=/usr/local/clhep
$ sudo make -j 2; sudo make install

GDML の読み書き用に、Xerces を入れる。これは C++XML parser の library。とりあえず最新版を入れておく。

$ wget http://apache.mirrors.tds.net/xerces/c/3/sources/xerces-c-3.1.0.tar.gz
$ tar zxvf xerces-c-3.1.0.tar.gz
$ cd xerces-c-3.1.0
$ ./configure --prefix=/usr/local
$ make -j 2
$ sudo make install

Geant4 は 2010 年 4 月 25 日時点で、9.3p01 が配布されている。最近の optical 関連の bug 修正はまだ commit されていないっぽい。GDML、Ray Tracer、Open GL あたりだけ yes を選択して、CLHEP と Xerces は先ほど install した /usr/local/clhep と /usr/local を指定すれば良い。

$ wget http://geant4.cern.ch/support/source/geant4.9.3.p01.tar.gz
$ sudo mkdir /usr/local/geant4
$ cd /usr/local/geant4
$ sudo tar zxvf geant4.9.3.p01.tar.gz
$ cd geant4.9.3.p01
$ export MAKEFLAGS="-j 2"
$ sudo ./Configure -build
$ sudo ./Configure

$G4INSTALL/env.sh を ~/.zshrc で読み込むと、

DYLD_LIBRARY_PATH is set to include CLHEP and Geant4 libraries. 
NOTE : you should verify that the correct path for the CLHEP library

/usr/local/clhep/lib

is included in the dynamic library search path ahead of any other
installations of CLHEP on your system that may be referenced by this
path.

と warning が出るようになった。env.sh の中で何か問題を検出しているわけでもないので、多分 env.sh を修正して、これが出ないようにして問題ないはず。とりあえず放置。

さすがに PAW はもう入れなくていいや。

gfortran

OS XFORTRAN にあまり優しくない。HPC for Mac から、gfortran 4.5.0 の binary を取ってきて、展開した。

$ cd /
$ sudo tar zxvf ~/Downloads/gfortran-snwleo-intel-bin.tar.gz

Python

入れたもの。

  • NumPy の 1.4.1 を自前で build した。Binary の配布もしてるけど、OS 標準のやつには入らないっぽい。Snow Leopard には、元々 numpy 1.2.1 が /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/Extras/lib/python/ に入っているので、自分で入れた 1.4.1 を使えるようにするためには、次のようにしてやる必要がある。
export PYTHONPATH=/Library/Python/2.6/site-packages:$PYTHONPATH
$ ./configure --enable-python
$ make
$ sudo make install

ただしこいつは、/usr/local/lib/python2.6/site-packages に入るので注意が必要。OS X の場合、普通は /Library/Python/2.6/site-packages に入る。また、配布されている 2.1.0 だと cparamlib/ParamModel.py に次のような修正が必要。

$ diff ~/sw/cparamlib-2.1.0/python/ParamModel.py /usr/local/lib/python2.6/site-packages/cparamlib/ParamModel.py
252c252
<         sigma = cparamlib.sigma_incl_tot(E, self.Tp, self.params)
---
>         sigma = cparamlib.sigma_incl_tot(self.particle, E, self.Tp, self.params)
434c434
<         sigma = cparamlib.sigma_pt_tot(self.particle, pT, self.E, self.Tp, params)
---
>         sigma = cparamlib.sigma_pt_tot(self.particle, pT, self.E, self.Tp, self.pt_params)
440c440,447
<     sys.exit(0)
---
>     # sys.exit(0)
>     import ParamModel as mymodel   
>     ID_GAMMA=0    
>     Tp=[1.0,2.0,3.0,4.0,5.0]
>     E=[0.5,1.0,1.5,2.0,2.5,3.0]
>     mymodel.ParamModel(Tp,ID_GAMMA)
>     print mymodel.sigma_incl_nd(Tp,E)    

Skype

今や海外の研究者とのやり取りは、国際電話ではなく Skype を使うようになったので、必須アプリのひとつ。回線遅いと音声が安定しないけども。Ver. 2.8.0.851 を入れた。

Jornler

普段の実験ログは、手書きの必要がないときは Jornler を使って電子化している。気に入っていたんだけど、2009 年に開発が停止してしまった。Snow Leopard でも最新版の 2.5.5 は動作するんだけど、早めに他のアプリへの移行を考えないとまずいな。

BibDesk

文献管理には BibDesk を使っている。物理業界は TeX を使って論文を書くのが標準なので、BibTeX に対応したアプリを使うのが便利。最新版は 1.5.1。iPad との連携を将来的に考え、Papers への乗り換えも今後検討するつもり。

DS9

FITS 形式の画像を閲覧するために DS9 というのが標準的に使われている。Mac 版は Carbon と X11 版の 2 つがある。最新版は 6.0。X11 版は OS X の FireWall に対応させるため、実行バイナリ ds9 と同じ場所に、同梱の ds9.zip を置いておかないと駄目。

かわせみ

性能が良くなったと言っても、ことえりの馬鹿さ加減は相変わらず。しかもうちはユーザ辞書がおかしくなったらしく、入力のもたつきがひどい。最近はもっぱら安くて早いかわせみという IME を使っている。v1.0.3 の試用版を落としてきて install すれば、旧環境から移行したアカウント(の多分 ~/Library 以下)に設定が残っているので、ライセンスキーの入力などもなしに継続して使える。

夜フクロウ

twitter 用に入れているのは夜フクロウ。v2.0.6 を入れた。

MondoMouse

MondoMouse を入れると、resize box や title bar を掴みに行かなくても、window の resize や移動が出来るようになる。これは慣れてしまうと元に戻れない。有料だけど、その価値は十分あり。最新版は v1.4.4.b4。

WindowShade X

相変わらずの Unsanity の更新の遅さで、WindowShade XSnow Leopard に対応していない。旧 OS の頃にあった、いわゆる window shade の機能ではなく、window の半透明化機能が自分の研究生活では役に立っていたので残念。ROOT のグラフを論文の図に重ねて比較したいときに非常に便利なんだけども。対応するのかしないのかだけは、言明して欲しい。と愚痴ってたら、なんと WindowShade X 5.0.1 が本日公開されました。素晴らしい。

MenuMetersiStat Menus

MenuMeters は、CPU や memory の使用率を menu bar に表示してくれる preference pane(日本語でなんて言うの?)。iStat Menus に一度浮気していたんだけど、iStat Menus の有料化に伴い、MenuMeters に復帰。視覚的には iStat Menus のほうが好きなんだけど、$10 は節約しよう。

iStat Menus 2.0 (これは無料) を配布しているところを発見したので、結局 MenuMeters はやめて iStat Menus に戻った。2.0 でも、Snow Leopard での動作は問題なし。Menu bar に常駐するので、iStat Menus のほうが MenuMeters よりも視覚的に優れており良い。

VMware Fusion

持ってるライセンスは 2.x のものだけど、ちゃんと Snow Leopard で動くみたい。CD を日本から持ってこなかったけど、ライセンスキーさえあればここから updater を落とせるので問題なく使える。

Eclipse

Eclipse IDE for C/C++ DevelopersGalileo for Mac 64 bit を入れる。これに、subversion の plugin である Subversive と、その connector である SVNKit 1.3.0 を入れた。前者は Help > Install New Software... から辿って入れて、後者は relaunch の時に適当に進めると勝手に入る。

ひとまず、先ほど入れた Geant4 + ROOT を使った library を build してみたところ、ちゃんと進んだので問題なし。

加えて、PyDEV も追加。同じく Help > Install New Software... から進んで、http://pydev.org/updates を追加した後に PyDev を追加すれば OK。これで Python の編集が楽になる。

Perian

Perian

HEAsoft

HEAsoft はあんまり使わないんだけど、fv とかは使うので、何も考えずに Snow Leopard 用の全部乗せを入れた。

$ cd /usr/local
$ sudo tar zxvf ~/Downloads/heasoft6.9mac_intel_darwin10.tar.gz
$ cd heasoft-6.9/i386-apple-darwin10.2.0/BUILD_DIR
$ su
# ./configure > config.out 2>&1

として、最後に ~/.zshrc に次のように追加した。

export HEADAS=/usr/local/heasoft-6.9/i386-apple-darwin10.2.0
export FVTMP=/tmp
source $HEADAS/headas-init.sh
export PFILES=$HOME/.pfiles:$PFILES

CFITSIO

HEAsoft とは別に、CFITSIO v3.24 を入れた。

$ tar zxvf ../archives/cfitsio3240.tar.gz
$ cd cfitsio
$ ./configure
$ make -j 2
$ sudo make install

とするだけ。ここで次の warning が出るけど、無視して良い。

/usr/bin/ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols
ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols

これは、drvrgsiftp.c の中身が次のようになっていて、自分の環境では完全な空ファイルと同じ扱いになるため。

#ifdef HAVE_NET_SERVICES
#ifdef HAVE_GSIFTP
(略)
#endif
#endif

SIMBL 関連

SIMBL は、色んな機能拡張を入れるのに必要な基本ソフト。Snow Leopard 対応版の 0.9.7a を入れた。Installer を走らせておしまい。

GreaseKit

GreaseKit を入れて、Safari の機能を増強する。ちと古いが、1.7 で大丈夫っぽい。/Users/oxon/Library/Application Support/SIMBL/Plugins に、GreaseKit.bundle を置けば OK 。

SafariStand

SafariStand は必須。説明不要。色々と便利。

megazoomer

megazoomer を入れると、ほとんどのアプリで画面を最大化(フルスクリーン的に)させることが出来る。Windows っぽくて気持ち悪いけど、便利なときがあるのは確か。

Firefox

あまり使わないけど、一応ね。

Silverlight

なんか最近増えてきので一応。

Adobe Reader

Preview.app で十分なんだけど、一応。

BathyScaphe

Mac 関連の情報とプログラミング関係は、たまに 2ch で見るので BathyScaphe を入れている。

Alarm Clock

目覚ましはこれを使ってる。

iWork

必須。

MultiClutch

Macfusion

LaTeXiT

LaTeXiT 2.1.1 Keynote で数式書く時に使ってる。

Microsoft Office 2008

残念ながら、まだ持ってないと生活の上で不便を強いられる。

XQuartz

XQuartz 2.5.0 OSX 標準の X11.app ではなく、XQuartz.app を使って X11 環境が構築される。/opt に色々と入る。Leopard までは独自の X11.app の配布だったが、Snow Leopard からは XQuartz.app と関連ファイルの配布になった。AppleX11.app の bug などが修正されている(はず、少なくとも Leopard のときは)。

Adobe CS5

Photoshop CS5 と Illustrator CS5 の英語体験版を入れた。近日中に製品版を購入予定。

Flip4Mac

Flip4Mac 2.3.2.6 WMV を再生するため。

The Unarchiver

The Unarchiver 2.3 色んな圧縮形式を展開できる